Deteksi dan Karakterisasi Virus Tanaman

Karekterisasi dan pendeteksian virus tanaman telah banyak menggunakan teknik molekuler, seperti Polymerase Chain Reaction (PCR), fragmen Dna yang diinginkan dapt diamplikasi secara enzimatik (in vitro) oleh reaksi PCR (Saiki dan Muniyappa, 1990), pengujian dengan teknik tersebut memerlukan sepasng primer yang spesifik yang akan menginduksi pembentukandan perbanyakan rangkaian asam nukleat atau untai DNA tertentu dengan bantuan enzim taq polymerase dalam mesin PCR atau thermocycler, proses selanjutnya adalah siklus perbanyakan melalui tahapan denaturasi, penempelan dan pemanjangan primer (Hull, 2002).

Metode PCR memerlukan DNA sebagai sumber amplifikasi (Template DNA) sehingga tidak bisa secara langsung diaplikasikan terhadap kebanyakan virus tumbuhan yang bergenom RNA, oleh karena itu RNA harus di konversi menjadi virus tumbuhan yang bergenom cDNA dengan bantuan enzim reverse transkriptase, RT-PCR adalah metode yang sangat sensitif, cepat dan populer untuk mendeteksi virus tanaman termasuk anggota genus Cucumo virus.

Untai ganda RNA (dsRNA) dapat dengan mudah ditemukan dalam jaringan tanaman terinfeksi bersama untai tunggal RNA (ssRNA) virus, keberadaan dsRNA di dalam jaringan tanaman biasanya di gunakan untuk mendiagnosis dan mempelajari sifat dan proses infeksi virus, untai ganda yang di isolasi dari jaringan tanaman terinfeksi virus yang kemudian di visualisasi pada gel agrose atau acrylamidae sehingga hasilnya dapat digunakan dengan membandingkan pola pita virus yang telah diketahui (Bantari & Goodwin, 1985).

Serodiagnosa merupakan cara deteksi virus dengan memanfaatkan reaksi antara antigen dan antibody (Agrios, 1997), metode ini mempunyai banyak keuntungan antara lain cepat, tepat dan dapat digunakan untuk karakterisasi virus serta untuk mengetahui hubungan kekerabatan suatu virus, salah satu uji serologi adalah Enzym Linked Immunosorbert Assay (ELISA) yang pertama kali dikembangkan oleh clark dan Adam (1997), salah satu bahan dasar yang digunakan untuk pengujian serologi adalah tersedianya antibody, sebagai langkah awal untuk membuat antibody adalah dengan melakukan isolasi virus dan inangnya dengan cara purifikasi virus.

Metode pmurnian virus ini sangat tergantung dari sifat dan jenis virusnya, purifikasi CMV telah banyak dilakukan seperti yang telah dilaporkan oleh Hsu et al (1989), selain hasil purifikasi dapat digunakan untuk analisis selubung protein dan pengamatan morfologi virus.

Inang diferensial atau tanaman indikator merupakan salh satu cara untuk mengkarakterisasi masing-masing isolat berdasarkan kesesuaian pada suatu inang, selain itu dapat juga untuk mengetahui virulensi masing-masing isolat tersebut, pada awal perkembangan ilmu virologi penggunaan inang diferensial menjadi salah satu metode yang rutin digunakan untuk mendeteksi dan mengkarakterisasi virus tanaman, hal ini dilakukan karena gejala penyakit yang jelas tentang virus yang menyebabkan penyakit tersebut terjadi.

Penyebab Penyakit kuning Keriting Pada Cabai

Cabai (Capsicum anuum) merupakan salah satu komoditi sayuran penting karena mempunyai nilai ekonomi yang tingi dan mempunyai banyak kegunaan, cabai mengandung zat gizi yang diperlukan oleh tubuh manusia terutama vitamin A dan C, buah cabai dikenal sebagai bahan penyedap dan pelengkap makanan, selain itu cabai juga digunakan sebagai ramuan tradisional untuk keperluan obat-obatan, kandungan zat yang terdapat dalam cabai dimanfaatkan untuk segala jenis pengobatan, seperti kejang otot, rematik, sakit tenggorokan dan lain sebagainya.

Masalah yang dihadapi petani cabai salah satunya adalah serangan berbagai penyakit, penyakit-penyakit yang sering ditemukan menyerang tanaman cabai diantaranya penyakit layu fusarium yang disebabkan oleh cendawan Fusarium oxysporum, penyakit layu bakteri yang disebabkan oleh bakteri Ralstonia solanacearum, penyakit busuk daun yang disebabkan oleh cendawan Phytopthora infestan, Anthraknosa (busuk buah) yang disebabkan oleh cendawan Colletroticum sp,  penyakit rebah batang yang disebabkan oleh cendawan Phytium sp, dan beberapa penyakit virus.

Virus yang menyerang tanaman cabai pada umumnya di tularkan melalui serangga vektor (serangga penghisap), virus yang umum ditemukan pada tanaman cabai adalah Cucumber mosaic virus, Tomato mosaic virus, dan Potato virus Y (Semangun, 1991), Chili veinal motlle virus (Taufik, 2000), Pepper yellow leaf curlf virus atau lebih dikenal dengan istilah Gemini Virus (Hidayat, 2005; Syaiful, 2005).
Penyakit virus yang paling dominan dan sangat merugikan tanaman cabai pada satu dekade ini adalah penyakit virus kuning keriting, tanaman cabai yang terserang virus ini menunjukan gejala daun menguning cerah/pucat, daun keriting, daun kecil-kecil, tanaman kerdil, bunga rontok, tanaman tinggal ranting dan batang saja, infeksi virus pada awal pertumbuhan tanaman menyebabkan tanaman menjadi kerdil dan tidak menghasilkan bunga dan buah (Hartono, 2006), gejala penyakit ini pertama kali ditemukan pada tahun 1999 di jawa barat (Hidayat, 1999), dan pada tahun 2000 dilaporkan sudah terjadi epidemi di pulau jawa (Sulandari, 2004).

Hasil penelitian Zulfadli (Mahasiswa jurusan Hama dan Penyakit Tanaman, Fakultas Pertanian Universitas Andalas) April 2008 menjelaskan penyebab penyakit kuning keriting pada cabai di kota padang menunjukan, bahwa penyakit kuning keriting pada cabai disebabkan oleh Gemini Virus dengan berbagai karakter dan gejala, dan Gemini virus ini berasosiasi dengan virus PMMV (Pepper mild motlle virus), hasil pengamatan lapangan memperlihatkan gejala paling dominan ditemui adalah ; daun kecil-kecil, kuning, keriting, dan tanaman kerdil.

Penelitian tentang penyebab penyakit kuning keriting pada cabai tersebut dilakukan dengan dua tahap, tahap pertama survey karakteristik gejala dengan metode pengambilan sample yang dilakukan secara purposive random sampling, tahap kedua menganalisis sample daun cabai secara serologi dengan Enzym Linked Immunusorbert Assy (ELISA), dan amplifiasi Polymerase chain reaction (PCR) untuk Gemini virus.

Pepper Mild Motlle Virus (PMMV)

Menurut Brunt et al (1990), PMMV pertama kali ditemukan pada cabai besar di soouth carolina, amerika serikat, sinonim virus ini adalah ; Strain TMV yang laten pada tembakau samsun, sedangkan yang termasuk strain dari PMMV adalah Capsicum mosaic virus, Samsun laten isolat P8 dari TMV. PMMV berbentuk batang kaku, tidak beramplop, biasanya lurus, panjang sekitar 312 nm dan lebar 18 nm (nm = nano meter).

Gejala PMMV pada cabai besar berupa klorosis ringan pada daun, bunga mengecil dan malabentuk, mosaic, dan kadang-kadang tampak daerah cekung yang nekrotik, apabila tanaman cabai terinfeksi dini oleh virus ini maka tanaman akan memperlihatkan pengerdilan yang berat, pada pertanaman cabai dilapangan infeksi dapat mencapai 100% dan hasil buah menurun drastis.